Sekolah Indonesia Kota Kinabalu (SIKK) berdiri sebagai salah satu bentuk perhatian pemerintah terhadap pendidikan anak-anak Indonesia yang berada di Sabah Malaysia. Pendirian Sekolah Indonesia Kota Kinabalu merupakan hasil pertemuan bilateral antara Presiden Republik Indonesia Susilo Bambang Yudhono dengan Perdana Menteri Malaysia Abdullah Badawi di Kuala Lumpur pada tangal 11 Januari 2008. SIKK mulai beroperasi pada tanggal 1 Desember 2008 setelah mengantongi ijin dari Kementerian Pelajaran Malaysia dan beberapa lembaga terkait di Sabah Malaysia.
Berdasarkan SK Mendiknas Tahun 2008 SIKK didirikan dalam rangka memberikan akses pendidikan terhadap anak-anak Indonesia yang tinggal di Sabah baik melalui pendidikan Formal maupun Non-Formal. Hal ini didasarkan data dari Konsulat Jenderal Republik Indonesia Kota Kinabalu bahwa anak-anak Indonesia yang berada pada usia sekolah berkisar 24.199 anak. Dari jumlah tersebut sekitar 9.000 telah ditangani melalui NGO International HUMANA dan unsur-unsur masyarakat yang berada di Sabah-Malaysia.
Duta Besar Republik Indonesia untuk Malaysia Bapak Da’i Bachtiar berharap bahwa Sekolah Indonesia Kota Kinabalu dapat menjadi center point pendidikan anak-anak Indonesia yang berada di Sabah-Malaysia. Dengan adanya SIKK diharapkan anak-anak Indonesia di Sabah akan mendapatkan akses pendidikan yang layak sebagaimana yang diperoleh anak-anak Indonesia lazimnya.
